Любая географическая территория, самостоятельно управляемая независимым правительством и заинтересованная в деятельности Комиссии, имеет право стать членом или создать Национальный комитет. Отдельные инженеры и ученые принимают участие в деятельности Комиссии через свои Национальные комитеты для осуществления целей Комиссии в пределах их стран или суверенных географических территорий.
Учрежденная в 1950 году 11 странами-членами, МКИД в настоящее время в своем составе имеет 104 страны-члена, вступивших в целях объединения своих усилий.
Руководителями МКИД являются Президент, девять Вице-президентов и Генеральный секретарь. Президент и Вице-президенты избираются сроком на три года. Генеральный секретарь назначается на основе полной занятости на определенный срок.
Управление делами Комиссии возложено на Международный исполнительный совет (МИС). МИС состоит из действующих Руководителей и одного представителя от каждого Национального комитета. Совет собирается раз в год.
Задача Комиссии заключается в том, чтобы обеспечить, чтобы Национальные комитеты имели широкую основу, были многопрофильными и сотрудничали с другими организациями, имеющими связанные цели в своих странах. Национальные комитеты выступают принимающей стороной на ежегодных заседаниях МИС, Всемирных конгрессах МКИД, проводимых каждые три года, и Региональных конференциях МКИД, проводимых по очереди в разных регионах, и распространяют приглашения к участию в них. Они также организовывают в своих странах мероприятия по осуществлению различных программ действий, разрабатываемых, продвигаемых или финансируемых Комиссией.
Деятельность Комиссии осуществляется посредством технических рабочих органов. Национальные комитеты предлагают ведущих экспертов в рабочие органы, занимающиеся различными вопросами ирригации, включая внутрихозяйственные аспекты, развитие и управление соответствующими системами и социально-экономические последствия орошаемого земледелия и дренажа земель. В настоящее время существует 30 таких рабочих групп. Региональные водные проблемы решаются специальными рабочими группами по Африке, Европе, Азии, Северной и Южной Америке и бассейну Аральского моря. В целях оказания содействия рабочим органам и Национальным комитетам в усилении работ и улучшении результатов были учреждены премии «Лучший Рабочий орган» и «Лучший Национальный комитет».
Постоянный секретариат, называемый Центральным офисом, расположен в здании Комиссии на территории в Нью-Дели, предоставленной Правительством Индии. Персонал Центрального офиса работает под общим контролем Генерального секретаря, и небольшая команда квалифицированных специалистов координирует техническую работу Комиссии.